Die Handlung spielt in einer technologisch hochentwickelten Zukunft, in der Cyberimplantate, künstliche Intelligenzen und digitale Netzwerke den Alltag dominieren. Im Mittelpunkt steht die Eliteeinheit Sektion 9, angeführt von der kybernetisch verstärkten Agentin Major Motoko Kusanagi, die gegen Cyberterrorismus, Hackerangriffe und politische Verschwörungen kämpft. Anders als frühere Adaptionen legt Stand Alone Complex besonderen Fokus auf kriminalistische Ermittlungen, gesellschaftliche Fragen und die Auswirkungen von Technologie auf Identität und Menschlichkeit.