Ein gewaltiger Mahlstrom überzieht die Karibische See. Noch kann die schwimmende Stadt Aelenium ihm trotzen. Doch Heere von Klabautern rücken näher. Der Kreis um Aelenium schließt sich. Nur die Wellenläufer können den Untergang aufhalten: Jolly und Munk tauchen hinab zur Wurzel des Mahlstroms. Während ihre Freunde in Aelenium den Kampf aufnehmen, wandern die beiden Quappen über den Grund der Tiefsee. Durch bizarre Felslabyrinthe und Vulkanschluchten führt sie der Weg bis zu den Trümmern der versunkenen Stadt. Hier stoßen sie auf das Mädchen Aina, das seit Jahrtausenden auf dem Meeresgrund gefangen gehalten wird. Im schwarzen Abgrund eines Tiefseegrabens treffen sich die Muschelmagier zum letzten Gefecht.