Im Jahr 2029 haben viele Menschen Teile ihres Körpers durch künstliche Bestandteile ersetzen lassen, wurden also zu Cyborgs, um so bestimmte Fähigkeiten zu verbessern oder sich neue anzueignen. Sogar das Gehirn lässt sich teilweise durch ein so genanntes Cyberbrain ersetzen. Verpackt in einer Biokapsel, der Shell, stecken in jedem Cyborg menschliche Gehirnzellen mit dem Geist, der die Identität und Persönlichkeit einthält. Umso bedrohlicher ist das Auftauchen eines unbekannten Hackers, genannt Puppet Master (dt. Puppenspieler), der die Sicherheitsbarrieren der Shell überwinden und die Cyborgs kontrollieren kann. Seine Opfer werden mit falschen Erinnerungen manipuliert, verlieren ihre Identität und begehen Verbrechen für den Puppet Master oder seine Auftraggeber.

Überarbeitete Fassung des Animé-Klassikers von Mamoru Oshii.