Als Clay Jannon seinen Job als Webdesigner verliert, meldet er sich auf eine Stellenanzeige hin bei Mr. Penumbra, der in San Francisco eine alte, verstaubte Buchhandlung betreibt, die rund um die Uhr geöffnet ist. Clay übernimmt die Nachtschicht, und bald ist ihm klar, dass hier irgendetwas nicht stimmt: Die Kunden kaufen nichts, sondern leihen die Bücher nur aus, drei Stockwerke hohe Regale beherbergen riesige Folianten, die keine Texte beinhalten, sondern nur ellenlange Reihen aus Buchstaben. Nach und nach findet Clay heraus, dass Mr. Penumbra und seine Kunden einem uralten Geheimnis auf der Spur sind. Mit der Unterstützung seiner Freundin Kat und seines ältesten Kumpels Neel, sowie der Weisheit von Mr. Penumbra, macht sich Clay daran, dieses Geheimnis zu lüften. Ein Geheimnis, das bis in die Anfangszeiten des Buchdrucks zurückreicht.