Im antiken Ägypten arbeitet die schöne Philosophin Hypatia (Rachel Weisz) als Dozentin an der Bibliothek von Alexandria. Durch ihre fortschrittlichen Theorien gerät sie in Konflikt mit den immer einflussreicheren Christen, die ihren Glauben mit Feuer und Schwert verbreiten. Obwohl Hypatia von dem Sklaven Davus (Max Minghella) und ihrem vornehmen Schüler Orestes (Oscar Isaac) geliebt wird, steht sie den religiösen Fanatikern schließlich alleine gegenüber - und begiebt sich mit ihrem Bekenntnis zu Menschlichkeit und Wissenschaft in höchste Lebensgefahr ...