Der Fall Jägerstätter ist die authentische Geschichte eines einfachen Mannes, der es aus Gewissensgründen ablehnte, einer Wehrmacht zu dienen, die einen verwerflichen Krieg führte. Der oberösterreichische Bauer und dreifacher Vater Franz Jägerstätter wurde 1943 durch das Oberste Reichskriegsgericht zum Tode verurteilt und enthauptet. Er hatte den Wehrdienst mit der Begründung verweigert, dass er als Christ einem ungerechten Regime nicht dienen und an einem verbrecherischen Krieg nicht teilnehmen dürfe. Axel Corti unterbricht die Spielszenen dieses Dokumentarspielfilms immer wieder mit Interviews von Menschen, die Jägerstätter gekannt haben.