Wayward Pines, eine Stadt mitten im Nirgendwo. Hier soll Secret-Service-Agent Ethan Burke zwei Vermisste aufspüren. Doch als er nach einem Verkehrsunfall im Krankenhaus wieder zu sich kommt, ist seine eigentliche Mission sein geringstes Problem: Seine persönlichen Sachen sind verschwunden, und auf seine Fragen bekommt er nur ausweichende Antworten. Als Ethan dann versucht, Wayward Pines zu verlassen, stößt er auf einen unüberwindbaren Zaun und ein grauenvolles Geheimnis.