Als Kind lauscht Jakob gebannt den Märchen seines Großvaters über eine Insel, auf der sich außergewöhnliche Kinder vor bösen Monstern verstecken. Dort wohnen sie in einem großen, zauberhaften Haus, das von Headmistress Peregrine geführt wird, die schützend ihre Hand über die Kinder hält. Jahre später stirbt Jakobs Opa unter mysteriösen Umständen und er hinterlässt ihm einen geheimnisvollen Hinweis, der die Frage aufwirft: Was, wenn die Gutenachtgeschichten von damals wahr sind? Was, wenn es diese Insel wirklich gibt? Er macht sich auf die Suche und findet sich bald wirklich auf der Insel der besonderen Kinder wieder. Doch auch die Monster sind real und sie sind ihm gefolgt...