Jedes Jahr veranstaltet die Stadt Alto Mare in besonderes Wasser-Pokemon-Wettrennen durch ihre Kanäle - und dieses Mal nehmen Ash und Misty ebenfalls teil" Ash gewinnt zwar nicht, aber er findet seinen ganz besonderen Platz im Herzen eines geheimnisvollen Mädchens, das er vor zwei Diebinnen rettet. Es ist jedoch kein gewöhnliches Mädchen, sondern in Wirklichtkeit das verkleidete Legendäre Pokemon Latias! Ash erhält einen Einblich in das geheime Zuhause von latias und ihrem Bruder Latios, doch dieser friedliche Ort wird bald von den Diebinnen Annie und Oakley bedroht, die es sowohl auf Legendäre Pokemon als auch auf ein rätselhaftes Juwel namens Herztropfen abgesehen haben. Denn durch die Kombination der beiden können sie eine leistungsstarke Maschine steuern, die normalerweiße vor Gefahren schützt. Allerdings weist die Maschine eine Fehlfunktion auf, durch die nicht nur Latias und Latios in große Gefahr gebracht werden, sonder auch die gesamte Stadt Alto Mare!