Der Roman, der oft als Goethes bester und zugleich als sein rätselhaftester bezeichnet wird, ist nicht genau einer literarischen Epoche zuordenbar. Einerseits findet man typische Elemente, die ihn zu einem Vertreter der Weimarer Klassik machen, wie beispielsweise die Anlage der Romanhandlung als naturwissenschaftliches Gleichnis; aber auch gegenläufige Tendenzen finden sich in ihm, denkt man etwa an die Figur der christlichen Märtyrerin, die am Ende des Romans steht. Das wörtlich verstandene Thema der "Wahlverwandtschaft", das aus der Chemie entlehnt ist, wo es das anziehende und abstoßende Verhalten von Naturelementen beschreibt, wird auf die Figuren im Roman übertragen. So stehen vor allem die menschlichen Neigungen im Zentrum des Romans.