Der "Colonel" nutzt den Ausnahmezustand, der über Neo-Tokyo verhängt wurde, um militärisch gegen die Untergrundorganisation von Nezu vorzugehen. Er weiß mittlerweile, dass Akira für die Katastrophe vor 30 Jahren verantwortlich ist und versucht ihn mit allen Mitteln zu vernichten. Doch im allgemeinen Durcheinander des Kampfes zwischen Nezus Männern und den Soldaten des "Colonels" kann die Kämpferin Sakaki mit Akira fliehen. Kaneda und Kei gelingt es derweil, einen Panzer in ihre Gewalt zu bringen und damit zu flüchten.