In einer komplett neuen Story reist The Dark Knight in ein Land, das von Schwert schwingenden Samurai und Ninja-Attentätern beherrscht wird. In Gotham City versagt Gorilla Grodds Zeitmaschine und schickt eine wahnsinnige Meute tyrannischer Krimineller zurück in das mittelalterliche Japan, welches sie mit Terror überziehen. Der Schlimmste unter ihnen ist Lord Joker, der nach totaler Macht über die Feudalstaaten strebt und den legendären Dark Knight ein für alle Mal ausschalten will. Kann Batman trotz seines schwindenden Arsenals an Hightech Lord Joker und die anderen davon abhalten, den Verlauf der Geschichte zu ändern?