Während des Kampfes in der Gran Crevasse ist Dr. Franxx aufgetaucht, der erfahren hat, dass die Mitglieder von Trupp 13 vollkommen sich selbst überlassen wurden. Er erinnert sich daran, wie er selbst im Jahr 2025 der Organisation APE begegnet ist. Zu dieser Zeit wurde eine gewaltige Energiequelle namens ¿Magma-Treibstoff¿ freigelegt. Dank dieser Energiereform konnte die Menschheit mit der Forschung an der ewigen Jugend und der Unsterblichkeit beginnen. Dr. Franxx, der Teil des Forschungsteams war, ahnte damals noch nicht, dass bald darauf die Kyoryu, auftauchen würden und der Menschheit eine Ära des Leids bevorstand. Nun gilt es den langjährigen Krieg mit den Kyoryu endgültig zu beenden. Und auch für Zero Two ist es an der Zeit, sich dem schockierenden Ursprung ihrer Selbst sowie der Kyoryu-Prinzessin zu stellen ...