Die Schülerin MIsaki Suzuhara besucht die erste Klasse Mittelschule und lebt bei ihrer Tante. Eines Tages kmmt sie mit dem Spiel "Angelic Layer" in Kontakt, bei dem man sich eine kleine Puppe nach eigenem Geschmack ausstatten und innerhalb eines Layers zum Leben erwecken und beliebig steurern. kann. auf turnieren treten die Spieler um den Besten oder die Beste in der Steuerung der Puppen zu ermitteln. Ein geheimnisvoller Mann, den Misaki kennen lernt, ist davon überzeugt, dass sie das Zeug hat, zur Meisterin in "Angelic Layer" zu werden...