Die Schülerin MIsaki Suzuhara lebt bei ihrer Tante. Eines Tages kommt sie mit dem Spiel "Angelic Layer" in Kontakt, bei dem man eine kleine Puppe innerhalb eines Layers zum Leben erwecken und beliebig steuern kann. auf Turnierentreten die Spieler an, um so den Besen oder die Beste in der Steuerung zu ermitteln. ein geheimnisvoller Mann ist davon überzeugt, das Misaki zur absoluten Meisterin on "Angleic Layer" werden kann. Zuerst musssie allerdings Mut beweisen und die eigenen Schwächen kennen lernen...