Seit Jahrhunderten sahen katholische Klöster ihre Aufgabe auch darin, ihr Wissen und ihre Werte weiterzugeben. Mit dem Ziel kirchlichen Nachwuchs heranzubilden nahmen die Geistlichen die hoffnungsvollsten Knaben auf, um sie nach ihren Regeln zu erziehen. Oft aus einfachsten Verhältnissen stammend, bedeutete der Eintritt ins Internat für viele die einzige Chance auf gesellschaftlichen Aufstieg. Heute ist die Erziehung großteils in weltlichen Händen, die Hochblüte der Internate ist vorüber. Nur mehr wenige sind in Betrieb.

Die letzten Zöglinge begleitet seine Protagonisten in ausführlichen Interviews zurück in die Welt ihrer Kindheit. Dabei wird deutlich, dass Internate in erstaunlichem Ausmaß Menschen hervorbrachten, die sich später in der Gesellschaft in irgendeiner Weise hervortaten. Die Erzählungen der Protagonisten liegen zwischen Verklärung und Abrechnung, Verdrängung und Nostalgie. Einigkeit herrscht nur darüber, dass das Aufwachsen im Internat eine lebensbestimmende Erfahrung ist.