Der High School-Schüler Kazuki erwacht aus einem schrecklichen Traum: Bei dem Versuch, die mysteriöse Tokiko vor einem Homunculus-Monster zu retten, wird er tödlich verwundet. Wenig später muss Kazuki erfahren, dass das gar kein Traum, sondern die Realität war. Er hat nur überlebt, weil ihm Tokiko durch die Kunst der Alchemie das Leben gerettet hat. Kazuki hat nun die Macht erlangt, sein eigenes Buso Renkin, eine gefährliche Waffe in Form einer großen Lanze, herzustellen. Ausgestattet mit seinem Buso Renkin und zusammen mit Tokiko und weiteren Gefährten zieht Kazuki in den gefährlichen Kampf gegen die Homunculus-Monster.