In den Abwässerkanälen von New York gehen seltsame Dinge vor: Vier außergewöhnliche Schildkröten, durch die geheimnisvolle Substanz Ooze mutiert, haben Superkräfte entwickelt. Zum Glück für alle nutzen Leonardo, Donatello, Raphael und Michelangelo ihre Künste im Ninja-Kampf, um Verbrecher zu jagen und die Stadt sicherer zu machen. Als Motivation reicht unseren Helden ihre Leibspeise: Pizza! Nur ihr Meister, die mutierte Ratte Splinter und die Fernsehreporterin April O'Neil kennen ihre Identität. Aber das Geheimnis der Superhelden ist bedroht ...