Phineas und Ferb gelangen mit ihrem Haustier, dem Schnabeltier Perry, in ein mysteriöses Paralleluniversum. Hier treffen sie nicht nur auf ihre Doppelgänger, sondern erfahren, dass Perry eigentlich Agent P ist. Doch die 2. Dimension hält noch mehr Überraschungen bereit. Dr. Heinz Doofenschmirtz ist ein böser Diktator, der die Macht über die Tri-State-Area erlangen will. Gemeinsam mit einer Widerstandsgruppe unter Führung der Doppelgängerin ihrer Schwester Candace ziehen die Stiefbrüder in den Kampf gegen den Bösewicht.