Die Bibliothekare finden sich in einem Kampf zwischen zwei Fronten wieder. Zuerst wird Apep, der ägyptische Gott des Chaos, aus einem Museum freigelassen, um das Böse in der Welt zu entfachen und eine Apokalypse heraufzubeschwören. Die Bibliothekare setzen alles daran, um ihn aufzuhalten, doch geraten dabei ins Visier der neuen, geheimen Regierungsbehörde D.O.S.A. (Abteilung für statistische Anomalien).
D.O.S.A.s Untersuchung der Magie lässt die Agentur ¿ und deren entschlossene Anführerin General Cynthia Rockwell ¿ glauben, dass die Bibliothekare einheimische Terroristen sind. So werden die Bibliothekare Flynn, Baird, Stone, Cassandra, Ezekiel und Jenkins gleichzeitig zu Jägern und Gejagten und kämpfen sich von Mission zu Mission, um die Welt zu retten. Dabei laufen sie Gefahr, die Bibliothek selbst zu verlieren.
Es ist ein Konflikt, der die Bibliothekare dazu zwingt, den Preis der Verwendung von Magie und ihre wahren Gefühle füreinander abzuwägen ¿ ein für alle Mal.
Episoden:
01 Der Gott des Chaos
02 Die Armee der Werwölfe
03 die Zeremonie der Eisdämonen
04 Die selbsterfüllende Prophezeiung
05 Der Jahrmarkt des Grauens
06 Das Auge des Ra
07 Das Elixier der Liebe
08 Die Zuflucht der Vampire
09 Der Kampf um Shangri-La
10 Der Angriff des puren Bösen