Nathan ist ein ganz normaler Junge. Doch als er den quirligen Yo-kai "Whisper" aus einem Spielzeugautomaten befreit, erhält er zum Dank eine Zauber-Uhr. Mit dieser Yo-kai Watch kann Nathan all die kunterbunten Wesen sehen, die man Yo-kai nennt. Sie treiben allerlei Schabernack mit den Menschen und Nathan hat ab jetzt alle Hände voll zu tun, um die Yo-kai für sich zu gewinnen. Der Affen-Yo-kai Schimpanyan bittet Nathan darum, seine Freunde von der Oni-Insel zu retten, aber die wurde versiegelt. Da muss Nathan wohl seine Beziehungen nach ganz oben spielen lassen ...